Ingénieur d'Etude ou Ingénieur de Recherche en Neurosciences Computationnelles et Transcriptomique

KEY WORDS

CITY

COUNTRY

France

DETAILS OF THE OFFER

Lieu : Lyon Est (SBRI Inserm U1208/HCL-INRIA Equipe AIstroSight/ Labex CORTEX bioinformatics platform)

Notre projet vise à développer et raffiner des workflows d’analyse de données de transcriptomique unicellulaire/spatiale à l’aide d’approches de machine/deep learning, fournissant ainsi de nouvelles perspectives sur l’étude des interactions cellulaires au sein du cerveau. Cette recherche innovante contribuera de manie?re significative à la compréhension des maladies neurologiques et a? l'identification de biomarqueurs potentiels pour de futurs traitements thérapeutiques. Responsabilités principales :

• -  Raffinement et application de scripts d'analyse existants pour le contrôle qualité des jeux de donne?es, le clustering, l'identification des signatures transcriptionnelles, et l'identification des processus biologiques associe?s.

• -  Mise en œuvre des outils de machine/deep learning pour automatiser et raffiner certaines étapes du workflow d’analyse (ex. contrastive learning pour l’integration des batchs, extraction de trajectoires de maturation).

• -  Intégration de jeux de données propriétaires et publics provenant de souris et d'humains au fur et à mesure de leur disponibilité et contribuer à la production de jeux de données originaux de transcriptomique spatiale à haute résolution.

• -  Développement de méthodes innovantes pour l'inférence des interactions cellulaires basées sur les

  complémentarités métaboliques et l'organisation spatiale des astrocytes par rapport aux neurones.

Qualifications :

- Formation et expérience :

o Un Master ou un doctorat en bioinformatique, biologie computationnelle, neurosciences, informatique ou un domaine connexe.

o Une expérience dans l'analyse des données de séquençage d'ARN unicellulaire et de transcriptomique spatiale est fortement souhaitée.

-  Compétences techniques :
o Maîtrise de Python (ou R).
o Expérience avec les cadres et outils de machine learning. Une expérience préalable des outils et bases de données bioinformatiques pertinents pour la transcriptomique sera un plus.

-  Compétences analytiques et de résolution de problèmes :
o Solides compétences analytiques avec la capacité d'interpréter des données biologiques complexes.
o Capacité créative à résoudre des problèmes pour développer de nouvelles approches d'analyse de données.

-  Communication et travail d'équipe :

o Excellentes compétences en communication pour collaborer efficacement avec des experts dans la production de jeux de données de transcriptomique unicellulaire/spatial et des experts en neurosciences computationnelles et analyse de données
o Capacité à présenter clairement les résultats et les méthodologies à des publics techniques et non techniques.

Ce que nous offrons :

Environnement innovant :

o Faites partie d'un projet de pointe à l'intersection des neurosciences computationnelles et de la transcriptomique.

o Opportunités de contribuer àdes recherches ayant un impact significatif sur la compréhension et le traitement des maladies neurologiques.

Développement professionnel :
o Travailler aux côtés d'experts renommés dans le domaine.

o Accès à des installations et des ressources de pointe.

Culture collaborative :
o S'engager dans un environnement de travail collaboratif.
o Opportunités d'apprentissage et de développement professionnel continus.

TYPE OF JOB

Ingénieur d’Etude ou Ingénieur de Recherche

TYPE OF CONTRACT

CDD (temporary / 24 months)